הבדיקה האנדוסקופית היא בדיקה המתבצעת בעזרת אנדוסקופ – מכשיר מתקדם העשוי צינור ארוך, צר וגמיש ובנוי מסיבי זכוכית וסביבו מעטה מחומר פלסטי. עוביו של האנדוסקופ כאצבע ובאמצעותו ניתן להסתכל אל תוך חלל הקיבה או המעי ולבצע פעולות שונות בו זמנית. בזמן בדיקה אנדוסקופית, ניתן בקלות לכוון את קצה המכשיר בתוך מערכת העיכול. פרט להסתכלות ובדיקה קפדנית, ניתן במהלך הבדיקה לקחת דגימת רקמה (ביופסיה), לשאוב מיץ מרה או מיץ קיבה ולברר נוכחות זיהום במערכת העיכול. יש לציין, כי המכשור האנדוסקופי עובר חיטוי וניקוי קפדניים בין בדיקה לבדיקה.